Закон, в частности, устанавливает, что глава создаваемого СК РФ будет назначаться президентом РФ, за которым также закрепляется право осуществлять руководство деятельностью новой структуры и устанавливать ее штатную численность. При этом место СК в структуре власти определяется как "федеральный государственный орган", не относящийся ни к одной из ее ветвей.

Согласно закону, на должности руководителей следственных отделов и следственных отделений СК могут быть назначены граждане не моложе 25 лет, а также имеющие как минимум трехлетний стаж работы по юридической специальности в СК, прокуратуре или судебных органах. При этом они могут занимать руководящую должность не более 5 лет с однократным правом продления своих полномочий на такой же срок.

Отдельной статьей в законе прописано, что генеральный прокурор РФ и подчиненные ему прокуроры ведут надзор за деятельностью Следственного комитета.